BEN 519 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı
İleri Biyoenformatik
Kodu
Yarıyıl
Teori
(saat/hafta)
Uygulama/Lab
(saat/hafta)
Yerel Kredi
AKTS
BEN 519
Güz/Bahar
3
0
3
7.5

Ön-Koşul(lar)
Yok
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersin Düzeyi
Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü
Öğretim Eleman(lar)ı -
Yardımcı(ları) -
Dersin Amacı Dersin amacı öğrencilerin programlama tecrübesi edinmesi ve biyomühendislikte kullanılan bilgisayar-tabanlı tekniklerin tanıtılmasıdır.
Öğrenme Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • Python dilinde programlama yapabilecek
  • Temel biyoenformatik problemleri açıklayabilecek
  • Biyolojik veriyi işleyebilecek
  • Python kodunda hata ayıklayabilecek
  • Biyoenformatik alanında kullanılan algoritmaları listeleyebilecek
Ders Tanımı Bu ders Python dilinin biyoenformatik uygulamalarında kullanım temelleri temel biyoenformatik problemlerine giriş yapar. Python dilinin temellerinin tanıtılması ile başlar. Bu bölümde python dil kuralları öğrencilere anlatılıp, python kullanarak biyolojik verilerin analizi üzerine odaklanılacaktır. Daha sonra yeni nesil dizileme verileri, evrimsel akrabalık analizleri, tek nükleotid polimorfizm ve kopya sayısı polimorfizm tespiti gibi biyoenformatik problemlerinin tanıtılması üzerine durulacaktır.

 



Dersin Kategorisi

Temel Ders
Uzmanlık/Alan Dersleri
X
Destek Dersleri
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

 

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Biyoinformatiğe giriş
2 Değişkenler, veri tipleri, operatörler, return fonksiyonu, if/else bloğu Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 1
3 Modül yükleme, Modül fonksiyonları, Deklerasyonlar Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 2
4 List, dict, tuple tipleri, kullanıcı girişi, yorum bloğu Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 3
5 For, while döngüsü, break, continue ve iteratörler Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 4
6 Time, sys, os modülleri, dosya okuma ve yazma Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 6
7 Sınıflar. Regular expressions ve regex modülü Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 5
8 Ara sınav
9 Numpy, scipy, ve panda modülleri. Matriksler ve seyrek matrisler Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 10
10 Matplotlib modülü, K-means kümeleme and Hiyerarşik kümeleme Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 11
11 Biopython modülü, birebir hizalama. NCBI ile iletişim Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Chapter 10
12 Ara Sınav II
13 Yeni nesil dizileme analizine giriş, tek nükleotid polimorfizmi, kopya sayısı polimorfizmi Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Chapter 22, 23 Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition, Jonathan Pevsner, Wiley. ISBN: 978-1-118-58178-0, Chapter 9
14 Çoklu dizi hizalama ve evrimsel ağaç oluşturma Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Chapter 23
15 Gözden geçirme
16 Final Sınavı

 

Ders Kitabı

Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902.

Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304.

Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition, Jonathan Pevsner, Wiley. ISBN: 978-1-118-58178-0

Önerilen Okumalar/Materyaller

 

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Katkı Payı %
Katılım
1
10
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
4
20
Ödev
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınav
2
30
Final Sınavı
1
40
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
7
60
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
1
40
Toplam

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Süre (Saat) İş Yükü
Teorik Ders Saati
(Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati)
16
3
48
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati
(Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati)
16
Sınıf Dışı Ders Çalışması
15
7
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
4
1
Ödev
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınavlar
2
18
Final Sınavı
1
32
    Toplam
225

 

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

#
Program Yeterlilikleri / Çıktıları
* Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1

Matematik, Fen Bilimleri, Biyomühendislik konularında yeterli bilgi birikimine sahiptir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri çeşitli Biyomühendislik problemlerini modelleme ve çözme amacıyla kullanır.

X
2

Belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri kullanarak, bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; ilgili disiplinlere ait bilgileri bir arada kullanır.

X
3

Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık problemleri çözer.

X
4

Doğa bilimleri ve Biyomühendislik temellerini kullanarak sistem, ekipman veya süreç tasarımı gerçekleştirir.

X
5

Biyomühendislik alanındaki yeni gelişmeleri takip ve teknolojileri takip eder ve kullanır.

X
6

Biyomühendislik disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler.

X
7

Biyomühendislik uygulamalarının sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuk boyutları ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların profesyonel iş yaşamına getirdiği kısıtların farkındadır.

X
8

Biyomühendislik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, yayımı ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerlere sahip olur.

X
9

Biyomühendislik alanı ile ilgili kıstaslara uygun, özgün bir tez/dönem projesi hazırlar.

10

Bir yabancı dili kullanarak Biyomühendislik alanı ile ilgili bilgileri takip eder ve akademik ortamlarda tartışmalara katılır.

X
11

Edindiği bilgi, beceri ve yetkinlikleri evrensel ve toplumsal amaçları doğrultusunda geliştirir.

X
12

Biyomühendislik alanında bölgesel ve küresel konuları/sorunları tanımlar, kanıtlara ve araştırmalara dayalı çözüm önerileri geliştirir.

X

*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest