LİSANSÜSTÜ EĞİTİM ENSTİTÜSÜ
Biyomühendislik Yüksek Lisans Programı (Tezli)
BEN 519 | Ders Tanıtım Bilgileri
Dersin Adı |
İleri Biyoenformatik
|
Kodu
|
Yarıyıl
|
Teori
(saat/hafta) |
Uygulama/Lab
(saat/hafta) |
Yerel Kredi
|
AKTS
|
BEN 519
|
Güz/Bahar
|
3
|
0
|
3
|
7.5
|
Ön-Koşul(lar) |
Yok
|
|||||
Dersin Dili |
İngilizce
|
|||||
Dersin Türü |
Seçmeli
|
|||||
Dersin Düzeyi |
Yüksek Lisans
|
|||||
Dersin Veriliş Şekli | - | |||||
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri | - | |||||
Dersin Koordinatörü | ||||||
Öğretim Eleman(lar)ı | - | |||||
Yardımcı(ları) | - |
Dersin Amacı | Dersin amacı öğrencilerin programlama tecrübesi edinmesi ve biyomühendislikte kullanılan bilgisayar-tabanlı tekniklerin tanıtılmasıdır. |
Öğrenme Çıktıları |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
|
Ders Tanımı | Bu ders Python dilinin biyoenformatik uygulamalarında kullanım temelleri temel biyoenformatik problemlerine giriş yapar. Python dilinin temellerinin tanıtılması ile başlar. Bu bölümde python dil kuralları öğrencilere anlatılıp, python kullanarak biyolojik verilerin analizi üzerine odaklanılacaktır. Daha sonra yeni nesil dizileme verileri, evrimsel akrabalık analizleri, tek nükleotid polimorfizm ve kopya sayısı polimorfizm tespiti gibi biyoenformatik problemlerinin tanıtılması üzerine durulacaktır. |
|
Temel Ders | |
Uzmanlık/Alan Dersleri |
X
|
|
Destek Dersleri | ||
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri | ||
Aktarılabilir Beceri Dersleri |
HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI
Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
1 | Biyoinformatiğe giriş | |
2 | Değişkenler, veri tipleri, operatörler, return fonksiyonu, if/else bloğu | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 1 |
3 | Modül yükleme, Modül fonksiyonları, Deklerasyonlar | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 2 |
4 | List, dict, tuple tipleri, kullanıcı girişi, yorum bloğu | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 3 |
5 | For, while döngüsü, break, continue ve iteratörler | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 4 |
6 | Time, sys, os modülleri, dosya okuma ve yazma | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 6 |
7 | Sınıflar. Regular expressions ve regex modülü | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 5 |
8 | Ara sınav | |
9 | Numpy, scipy, ve panda modülleri. Matriksler ve seyrek matrisler | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 10 |
10 | Matplotlib modülü, K-means kümeleme and Hiyerarşik kümeleme | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Chapter 11 |
11 | Biopython modülü, birebir hizalama. NCBI ile iletişim | Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Chapter 10 |
12 | Ara Sınav II | |
13 | Yeni nesil dizileme analizine giriş, tek nükleotid polimorfizmi, kopya sayısı polimorfizmi | Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Chapter 22, 23 Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition, Jonathan Pevsner, Wiley. ISBN: 978-1-118-58178-0, Chapter 9 |
14 | Çoklu dizi hizalama ve evrimsel ağaç oluşturma | Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Chapter 23 |
15 | Gözden geçirme | |
16 | Final Sınavı |
Ders Kitabı | Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data, Mitchell L Model, O’Reilly, 2009. ISBN: 9781449382902. Python for Bioinformatics, Sebastian Bass, CRC Press, 2016. ISBN: 9781584889304. Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition, Jonathan Pevsner, Wiley. ISBN: 978-1-118-58178-0 |
Önerilen Okumalar/Materyaller |
DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ
Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Katkı Payı % |
Katılım |
1
|
10
|
Laboratuvar / Uygulama | ||
Arazi Çalışması | ||
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği |
4
|
20
|
Portfolyo | ||
Ödev | ||
Sunum / Jüri Önünde Sunum | ||
Proje | ||
Seminer/Çalıştay | ||
Sözlü Sınav | ||
Ara Sınav |
2
|
30
|
Final Sınavı |
1
|
40
|
Toplam |
Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı |
7
|
60
|
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı |
1
|
40
|
Toplam |
AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU
Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Süre (Saat) | İş Yükü |
---|---|---|---|
Teorik Ders Saati (Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati) |
16
|
3
|
48
|
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati (Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati) |
16
|
0
|
|
Sınıf Dışı Ders Çalışması |
15
|
7
|
105
|
Arazi Çalışması |
0
|
||
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği |
4
|
1
|
4
|
Portfolyo |
0
|
||
Ödev |
0
|
||
Sunum / Jüri Önünde Sunum |
0
|
||
Proje |
0
|
||
Seminer/Çalıştay |
0
|
||
Sözlü Sınav |
0
|
||
Ara Sınavlar |
2
|
18
|
36
|
Final Sınavı |
1
|
32
|
32
|
Toplam |
225
|
DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ
#
|
Program Yeterlilikleri / Çıktıları |
* Katkı Düzeyi
|
||||
1
|
2
|
3
|
4
|
5
|
||
1 | Matematik, Fen Bilimleri, Biyomühendislik konularında yeterli bilgi birikimine sahiptir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri çeşitli Biyomühendislik problemlerini modelleme ve çözme amacıyla kullanır. |
X | ||||
2 | Belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri kullanarak, bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; ilgili disiplinlere ait bilgileri bir arada kullanır. |
X | ||||
3 | Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık problemleri çözer. |
X | ||||
4 | Doğa bilimleri ve Biyomühendislik temellerini kullanarak sistem, ekipman veya süreç tasarımı gerçekleştirir. |
X | ||||
5 | Biyomühendislik alanındaki yeni gelişmeleri takip ve teknolojileri takip eder ve kullanır. |
X | ||||
6 | Biyomühendislik disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler. |
X | ||||
7 | Biyomühendislik uygulamalarının sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuk boyutları ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların profesyonel iş yaşamına getirdiği kısıtların farkındadır. |
X | ||||
8 | Biyomühendislik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, yayımı ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerlere sahip olur. |
X | ||||
9 | Biyomühendislik alanı ile ilgili kıstaslara uygun, özgün bir tez/dönem projesi hazırlar. |
|||||
10 | Bir yabancı dili kullanarak Biyomühendislik alanı ile ilgili bilgileri takip eder ve akademik ortamlarda tartışmalara katılır. |
X | ||||
11 | Edindiği bilgi, beceri ve yetkinlikleri evrensel ve toplumsal amaçları doğrultusunda geliştirir. |
X | ||||
12 | Biyomühendislik alanında bölgesel ve küresel konuları/sorunları tanımlar, kanıtlara ve araştırmalara dayalı çözüm önerileri geliştirir. |
X |
*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest