BEN 520 | Ders Tanıtım Bilgileri - Biyomühendislik Yüksek Lisans Programı (Tezli)

Dersin Adı

Fonksiyonel Oligonükleotidler

Kodu	Yarıyıl	Teori (saat/hafta)	Uygulama/Lab (saat/hafta)	Yerel Kredi	AKTS
BEN 520	Güz/Bahar	3	0	3	7.5

Ön-Koşul(lar)	Yok
Dersin Dili	İngilizce
Dersin Türü	Seçmeli
Dersin Düzeyi	Yüksek Lisans
Dersin Veriliş Şekli	-
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri	-
Ulusal Meslek Sınıflandırma Kodu	-
Dersin Koordinatörü	Dr. Öğr. Üyesi Osman Doluca
Öğretim Eleman(lar)ı	-
Yardımcı(ları)	-

Dersin Amacı	Bu dersin amacı oligonükleotidleri hedef alan ya da kullanan uygulamalar üzerine çalışma yapma kabiliyeti kazandırmayı amaçlar.
Öğrenme Çıktıları	Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; Oligonükleotid çeşitleri ve yapıları listeleyebilecek, DNA ve RNA topolojilerinde etkili olan kuvvetleri açıklayabilecek, Fonksiyonel oligonükleotidlerin uygulama alanlarını tartışabilecek, Kimyasal değişikliklerin oligonükleotid yapısı ve fonksiyonu üzerindeki etkileri tartışabilecek, Yapay fonksiyonel oligonükleotid tasarımını gerçekleştirebilecektir.
Ders Tanımı	Bu derste fonksiyonel oligonükleotidlerin tanıtılması, doğal ve sentetik oligonükleotidklerin kimyasal yapısı, katlanma sonrası üç boyutlu yapıları ve bu yapıların oluşumundaki kuvvetler tartışılır. Fonksiyonel oligonükleotidlerin kullanım alanları ve yöntemleri tanıtılıp, örnek uygulamaları güncel makaleler üzerinden tartışılır. Yapay oligonükleotid problarının sentez yöntemleri anlatılır. Sentezlenen yapılarda kullanılan kimyasal değişiklikler ve bu değişikliklerin fonksyonel etkileri örnekler üzerinden anlatılarak, uygun değişikliklerin uygulamaya bağlı olarak seçebilme yeteneği kazandırmayı amaçlar.
Dersin İlişkili Olduğu Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Dersin Kategorisi	Temel Ders
	Uzmanlık/Alan Dersleri	X
	Destek Dersleri
	İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
	Aktarılabilir Beceri Dersleri

Hafta	Konular	Ön Hazırlık
1	Giriş ve tanımlar
2	DNA, RNA, LNA, XNA, PNA birincil yapı	Anosova, I., et al. (2016) 10.1093/nar/gkv1472
3	Hidrojen bağı, Van der Waals etkileşimleri, elektrostatik etkileşimler	Fedor Kouzine, David Levens & Laura Baranello (2014) 10.4161/nucl.28909
4	Ikincil yapılar, B-form, Z-form, A-form, G-quadruplex, Triplex, H-junction	Fedor Kouzine, David Levens & Laura Baranello (2014) 10.4161/nucl.28909
5	Tespit yöntemleri, emilim, floresan, fosforesan, radyoaktif işaretleme	Boutorine AS, et al. (2013) 10.3390/molecules181215357
6	Sentetik oligonükleotid sentezi	Andrei Laikhter and Klaus D. Linse, (2014)
7	Ara sınav I
8	Laboratuvar teknikleri, FISH, smFISH, qPCR	Kwon, S. (2013) 10.5483/BMBRep.2013.46.2.016
9	Floresan grup eklentileri	Juskowiak, B. (2011) 10.1007/s00216-010-4304-5
10	Hücre zarı geçişine yönelik eklentiler	Sandeep Verma and Fritz Eckstein (1998)
11	Nükleaz direncine yönelik çalışmalar	Sandeep Verma and Fritz Eckstein (1998)
12	Ara sınav II
13	Vaka analizi I	Osman Doluca, et al. (2013) 10.1002/cplu.201300310
14	Vaka analizi II	Osman Doluca, Jamie M Withers, Vyacheslav V. Filichev (2013) 10.1021/cr300225q
15	Gözden geçirme
16	Final Sınavı

Ders Kitabı

Listelenmiş makaleler

Önerilen Okumalar/Materyaller

http://fbio.uh.cu/sites/genmol/adic/na_arch.htm

https://www.atdbio.com/content/18/Synthesis-and-properties-of-fluorescent-oligonucleotides

http://www.glenresearch.com/Catalog/index1.php

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Katkı Payı %
Katılım	1	20
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
Portfolyo
Ödev
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınav	2	40
Final Sınavı	1	40
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı	3	60
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı	1	40
Toplam

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Süre (Saat)	İş Yükü
Teorik Ders Saati (Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati)	16	3	48
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati (Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati)	16		0
Sınıf Dışı Ders Çalışması	15	6	90
Arazi Çalışması			0
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği			0
Portfolyo			0
Ödev			0
Sunum / Jüri Önünde Sunum			0
Proje			0
Seminer/Çalıştay			0
Sözlü Sınav			0
Ara Sınavlar	2	21	42
Final Sınavı	1	45	45
		Toplam	225

#	Program Yeterlilikleri / Çıktıları	* Katkı Düzeyi
#	Program Yeterlilikleri / Çıktıları	1	2	3	4	5
1	Matematik, Fen Bilimleri, Biyomühendislik konularında yeterli bilgi birikimine sahiptir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri çeşitli Biyomühendislik problemlerini modelleme ve çözme amacıyla kullanır.	-	-	-	X	-
2	Belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri kullanarak, bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; ilgili disiplinlere ait bilgileri bir arada kullanır.	-	X	-	-	-
3	Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık problemleri çözer.	-	-	X	-	-
4	Doğa bilimleri ve Biyomühendislik temellerini kullanarak sistem, ekipman veya süreç tasarımı gerçekleştirir.	-	-	-	-	X
5	Biyomühendislik alanındaki yeni gelişmeleri takip ve teknolojileri takip eder ve kullanır.	-	-	-	-	X
6	Biyomühendislik disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler.	-	-	-	X	-
7	Biyomühendislik uygulamalarının sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuk boyutları ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların profesyonel iş yaşamına getirdiği kısıtların farkındadır.	-	-	-	-	-
8	Biyomühendislik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, yayımı ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerlere sahip olur.	-	-	-	-	-
9	Biyomühendislik alanı ile ilgili kıstaslara uygun, özgün bir tez/dönem projesi hazırlar.	-	-	-	-	-
10	Bir yabancı dili kullanarak Biyomühendislik alanı ile ilgili bilgileri takip eder ve akademik ortamlarda tartışmalara katılır.	-	-	-	X	-
11	Edindiği bilgi, beceri ve yetkinlikleri evrensel ve toplumsal amaçları doğrultusunda geliştirir.	-	-	X	-	-
12	Biyomühendislik alanında bölgesel ve küresel konuları/sorunları tanımlar, kanıtlara ve araştırmalara dayalı çözüm önerileri geliştirir.	-	X	-	-	-

BEN 520 | Ders Tanıtım Bilgileri

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

YENİ GÜZELBAHÇE KAMPÜSÜMÜZ

KÜRESEL KARİYER

BİLİME KATKI

İNSANA DEĞER

TOPLUMA FAYDA