| Dersin Adı |
Fonksiyonel Oligonükleotidler
|
|
Kodu
|
Yarıyıl
|
Teori
(saat/hafta) |
Uygulama/Lab
(saat/hafta) |
Yerel Kredi
|
AKTS
|
|
BEN 520
|
Güz/Bahar
|
3
|
0
|
3
|
7.5
|
| Ön-Koşul(lar) |
Yok
|
|||||
| Dersin Dili |
İngilizce
|
|||||
| Dersin Türü |
Seçmeli
|
|||||
| Dersin Düzeyi |
Yüksek Lisans
|
|||||
| Dersin Koordinatörü | ||||||
| Öğretim Eleman(lar)ı | - | |||||
| Yardımcı(ları) | - | |||||
| Dersin Amacı | Bu dersin amacı oligonükleotidleri hedef alan ya da kullanan uygulamalar üzerine çalışma yapma kabiliyeti kazandırmayı amaçlar. |
| Öğrenme Çıktıları |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
|
| Ders Tanımı | Bu derste fonksiyonel oligonükleotidlerin tanıtılması, doğal ve sentetik oligonükleotidklerin kimyasal yapısı, katlanma sonrası üç boyutlu yapıları ve bu yapıların oluşumundaki kuvvetler tartışılır. Fonksiyonel oligonükleotidlerin kullanım alanları ve yöntemleri tanıtılıp, örnek uygulamaları güncel makaleler üzerinden tartışılır. Yapay oligonükleotid problarının sentez yöntemleri anlatılır. Sentezlenen yapılarda kullanılan kimyasal değişiklikler ve bu değişikliklerin fonksyonel etkileri örnekler üzerinden anlatılarak, uygun değişikliklerin uygulamaya bağlı olarak seçebilme yeteneği kazandırmayı amaçlar. |
|
|
Temel Ders | |
| Uzmanlık/Alan Dersleri |
X
|
|
| Destek Dersleri | ||
| İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri | ||
| Aktarılabilir Beceri Dersleri |
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
| 1 | Giriş ve tanımlar | |
| 2 | DNA, RNA, LNA, XNA, PNA birincil yapı | Anosova, I., et al. (2016) 10.1093/nar/gkv1472 |
| 3 | Hidrojen bağı, Van der Waals etkileşimleri, elektrostatik etkileşimler | Fedor Kouzine, David Levens & Laura Baranello (2014) 10.4161/nucl.28909 |
| 4 | Ikincil yapılar, B-form, Z-form, A-form, G-quadruplex, Triplex, H-junction | Fedor Kouzine, David Levens & Laura Baranello (2014) 10.4161/nucl.28909 |
| 5 | Tespit yöntemleri, emilim, floresan, fosforesan, radyoaktif işaretleme | Boutorine AS, et al. (2013) 10.3390/molecules181215357 |
| 6 | Sentetik oligonükleotid sentezi | Andrei Laikhter and Klaus D. Linse, (2014) |
| 7 | Ara sınav I | |
| 8 | Laboratuvar teknikleri, FISH, smFISH, qPCR | Kwon, S. (2013) 10.5483/BMBRep.2013.46.2.016 |
| 9 | Floresan grup eklentileri | Juskowiak, B. (2011) 10.1007/s00216-010-4304-5 |
| 10 | Hücre zarı geçişine yönelik eklentiler | Sandeep Verma and Fritz Eckstein (1998) |
| 11 | Nükleaz direncine yönelik çalışmalar | Sandeep Verma and Fritz Eckstein (1998) |
| 12 | Ara sınav II | |
| 13 | Vaka analizi I | Osman Doluca, et al. (2013) 10.1002/cplu.201300310 |
| 14 | Vaka analizi II | Osman Doluca, Jamie M Withers, Vyacheslav V. Filichev (2013) 10.1021/cr300225q |
| 15 | Gözden geçirme | |
| 16 | Final Sınavı |
| Ders Kitabı | Listelenmiş makaleler |
| Önerilen Okumalar/Materyaller | http://fbio.uh.cu/sites/genmol/adic/na_arch.htm https://www.atdbio.com/content/18/Synthesis-and-properties-of-fluorescent-oligonucleotides http://www.glenresearch.com/Catalog/index1.php |
| Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Katkı Payı % |
| Katılım |
1
|
20
|
| Laboratuvar / Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği | ||
| Ödev | ||
| Sunum / Jüri Önünde Sunum | ||
| Proje | ||
| Seminer/Çalıştay | ||
| Sözlü Sınav | ||
| Ara Sınav |
2
|
40
|
| Final Sınavı |
1
|
40
|
| Toplam |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 3 |
60 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 1 |
40 |
| Toplam |
| Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Süre (Saat) | İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Teorik Ders Saati (Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati) |
16
|
3
|
48
|
| Laboratuvar / Uygulama Ders Saati (Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati) |
16
|
||
| Sınıf Dışı Ders Çalışması |
15
|
6
|
|
| Arazi Çalışması | |||
| Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği | |||
| Ödev | |||
| Sunum / Jüri Önünde Sunum | |||
| Proje | |||
| Seminer/Çalıştay | |||
| Sözlü Sınav | |||
| Ara Sınavlar |
2
|
21
|
|
| Final Sınavı |
1
|
45
|
|
| Toplam |
225
|
|
#
|
Program Yeterlilikleri / Çıktıları |
* Katkı Düzeyi
|
||||
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
||
| 1 | Matematik, Fen Bilimleri, Biyomühendislik konularında yeterli bilgi birikimine sahiptir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri çeşitli Biyomühendislik problemlerini modelleme ve çözme amacıyla kullanır. |
X | ||||
| 2 | Belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri kullanarak, bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; ilgili disiplinlere ait bilgileri bir arada kullanır. |
X | ||||
| 3 | Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık problemleri çözer. |
X | ||||
| 4 | Doğa bilimleri ve Biyomühendislik temellerini kullanarak sistem, ekipman veya süreç tasarımı gerçekleştirir. |
X | ||||
| 5 | Biyomühendislik alanındaki yeni gelişmeleri takip ve teknolojileri takip eder ve kullanır. |
X | ||||
| 6 | Biyomühendislik disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler. |
X | ||||
| 7 | Biyomühendislik uygulamalarının sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuk boyutları ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların profesyonel iş yaşamına getirdiği kısıtların farkındadır. |
|||||
| 8 | Biyomühendislik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, yayımı ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerlere sahip olur. |
|||||
| 9 | Biyomühendislik alanı ile ilgili kıstaslara uygun, özgün bir tez/dönem projesi hazırlar. |
|||||
| 10 | Bir yabancı dili kullanarak Biyomühendislik alanı ile ilgili bilgileri takip eder ve akademik ortamlarda tartışmalara katılır. |
X | ||||
| 11 | Edindiği bilgi, beceri ve yetkinlikleri evrensel ve toplumsal amaçları doğrultusunda geliştirir. |
X | ||||
| 12 | Biyomühendislik alanında bölgesel ve küresel konuları/sorunları tanımlar, kanıtlara ve araştırmalara dayalı çözüm önerileri geliştirir. |
X | ||||
*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest