BEN 520 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı
Fonksiyonel Oligonükleotidler
Kodu
Yarıyıl
Teori
(saat/hafta)
Uygulama/Lab
(saat/hafta)
Yerel Kredi
AKTS
BEN 520
Güz/Bahar
3
0
3
7.5

Ön-Koşul(lar)
Yok
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersin Düzeyi
Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü
Öğretim Eleman(lar)ı -
Yardımcı(ları) -
Dersin Amacı Bu dersin amacı oligonükleotidleri hedef alan ya da kullanan uygulamalar üzerine çalışma yapma kabiliyeti kazandırmayı amaçlar.
Öğrenme Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • Oligonükleotid çeşitleri ve yapıları listeleyebilecek,
  • DNA ve RNA topolojilerinde etkili olan kuvvetleri açıklayabilecek,
  • Fonksiyonel oligonükleotidlerin uygulama alanlarını tartışabilecek,
  • Kimyasal değişikliklerin oligonükleotid yapısı ve fonksiyonu üzerindeki etkileri tartışabilecek,
  • Yapay fonksiyonel oligonükleotid tasarımını gerçekleştirebilecektir.
Ders Tanımı Bu derste fonksiyonel oligonükleotidlerin tanıtılması, doğal ve sentetik oligonükleotidklerin kimyasal yapısı, katlanma sonrası üç boyutlu yapıları ve bu yapıların oluşumundaki kuvvetler tartışılır. Fonksiyonel oligonükleotidlerin kullanım alanları ve yöntemleri tanıtılıp, örnek uygulamaları güncel makaleler üzerinden tartışılır. Yapay oligonükleotid problarının sentez yöntemleri anlatılır. Sentezlenen yapılarda kullanılan kimyasal değişiklikler ve bu değişikliklerin fonksyonel etkileri örnekler üzerinden anlatılarak, uygun değişikliklerin uygulamaya bağlı olarak seçebilme yeteneği kazandırmayı amaçlar.

 



Dersin Kategorisi

Temel Ders
Uzmanlık/Alan Dersleri
X
Destek Dersleri
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

 

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Giriş ve tanımlar
2 DNA, RNA, LNA, XNA, PNA birincil yapı Anosova, I., et al. (2016) 10.1093/nar/gkv1472
3 Hidrojen bağı, Van der Waals etkileşimleri, elektrostatik etkileşimler Fedor Kouzine, David Levens & Laura Baranello (2014) 10.4161/nucl.28909
4 Ikincil yapılar, B-form, Z-form, A-form, G-quadruplex, Triplex, H-junction Fedor Kouzine, David Levens & Laura Baranello (2014) 10.4161/nucl.28909
5 Tespit yöntemleri, emilim, floresan, fosforesan, radyoaktif işaretleme Boutorine AS, et al. (2013) 10.3390/molecules181215357
6 Sentetik oligonükleotid sentezi Andrei Laikhter and Klaus D. Linse, (2014)
7 Ara sınav I
8 Laboratuvar teknikleri, FISH, smFISH, qPCR Kwon, S. (2013) 10.5483/BMBRep.2013.46.2.016
9 Floresan grup eklentileri Juskowiak, B. (2011) 10.1007/s00216-010-4304-5
10 Hücre zarı geçişine yönelik eklentiler Sandeep Verma and Fritz Eckstein (1998)
11 Nükleaz direncine yönelik çalışmalar Sandeep Verma and Fritz Eckstein (1998)
12 Ara sınav II
13 Vaka analizi I Osman Doluca, et al. (2013) 10.1002/cplu.201300310
14 Vaka analizi II Osman Doluca, Jamie M Withers, Vyacheslav V. Filichev (2013) 10.1021/cr300225q
15 Gözden geçirme
16 Final Sınavı

 

Ders Kitabı

Listelenmiş makaleler

Önerilen Okumalar/Materyaller

http://fbio.uh.cu/sites/genmol/adic/na_arch.htm

https://www.atdbio.com/content/18/Synthesis-and-properties-of-fluorescent-oligonucleotides

http://www.glenresearch.com/Catalog/index1.php

 

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Katkı Payı %
Katılım
1
20
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
Ödev
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınav
2
40
Final Sınavı
1
40
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
3
60
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
1
40
Toplam

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Süre (Saat) İş Yükü
Teorik Ders Saati
(Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati)
16
3
48
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati
(Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati)
16
Sınıf Dışı Ders Çalışması
15
6
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
Ödev
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınavlar
2
21
Final Sınavı
1
45
    Toplam
225

 

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

#
Program Yeterlilikleri / Çıktıları
* Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1

Matematik, Fen Bilimleri, Biyomühendislik konularında yeterli bilgi birikimine sahiptir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri çeşitli Biyomühendislik problemlerini modelleme ve çözme amacıyla kullanır.

X
2

Belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri kullanarak, bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; ilgili disiplinlere ait bilgileri bir arada kullanır.

X
3

Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık problemleri çözer.

X
4

Doğa bilimleri ve Biyomühendislik temellerini kullanarak sistem, ekipman veya süreç tasarımı gerçekleştirir.

X
5

Biyomühendislik alanındaki yeni gelişmeleri takip ve teknolojileri takip eder ve kullanır.

X
6

Biyomühendislik disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler.

X
7

Biyomühendislik uygulamalarının sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuk boyutları ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların profesyonel iş yaşamına getirdiği kısıtların farkındadır.

8

Biyomühendislik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, yayımı ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerlere sahip olur.

9

Biyomühendislik alanı ile ilgili kıstaslara uygun, özgün bir tez/dönem projesi hazırlar.

10

Bir yabancı dili kullanarak Biyomühendislik alanı ile ilgili bilgileri takip eder ve akademik ortamlarda tartışmalara katılır.

X
11

Edindiği bilgi, beceri ve yetkinlikleri evrensel ve toplumsal amaçları doğrultusunda geliştirir.

X
12

Biyomühendislik alanında bölgesel ve küresel konuları/sorunları tanımlar, kanıtlara ve araştırmalara dayalı çözüm önerileri geliştirir.

X

*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest